ศิลปของบอนไซเริ่มตั้งแต่การคัดเลือกเมล็ดพันธุ์หรือต้นพันธุ์ที่จะนำมาทำเป็นไม้แคระ
การปลูกเลี้ยง การตัด การดัดและตกแต่งกิ่ง การบำรุงรักษา ซึ่งล่วนแต่เป็นงานที่ต้องอาศัยความใจเย็น ความประณีตบรรจงในการทำงานแต่ละขั้นตอน ตลอดจนความอดทน รอคอยการเจริญเติบโตของแต่ละกิ่งแต่ละใบ และต่อไปถึงการเลือกกระถางที่จะใช้ปลูกให้พอเหมาะและกลมกลืนกับต้นไม้ และที่สำคัญที่สุดสิ่งที่เป็น"หัวใจ"ซึ่งผู้ปลูกเลี้ยงบอนไซทุกคนจะต้องมีก็คือ สายตาและจินตนาการที่ลึกซึ้งในการมองให้เห็นภาพว่า บริเวณส่วนนั้นๆ ของลำต้นควรจะมีกิ่งอยู่ตรงไหน กิ่งนั้นจะมีรูปทรงอย่างไร คดเคี้ยวไปทางไหน จึงจะทำให้ไม้ต้นนั้นมองดูเหมือนธรรมชาติมากที่สุด จากนั้นก็ลงมือจัดการให้ทุกอย่างเป็นไปตามจินตนาการ ดังนั้น สิ่งตอบแทนที่ได้จากการปลูกเลี้ยงบอนไซ จึงมีคุณค่าในด้านจิตใจเกินกว่าที่จะกล่าวออกมาเป็นคำพูดได้