คำว่า “บอนไซ”เป็นคำทับศัพท์ในภาษาญี่ปุ่น แปลเป็นไทยว่า ไม้แคระ มีตำนานความเป็นมาดังนี้ (ชาง ตันสกุล : 2534, 7-8) บอนไซ ได้ถูกพัฒนาจากการปลูกไม้ในกระถางของคนจีนโบราณ ตั้งแต่สมัยราชวงศ์จิ้น ราวปี พ.ศ. 808-963 โดยตู หยวน-หมิง จินตกวีผู้หันหลังให้กับราชสำนัก มุ่งสู่ชนบทริเริ่มปลูกต้นไม้ไม้ดอกลงในกระถาง เป็นผู้บุกเบิกบอนไซเป็นท่านแรกก็ว่าได้
ต่อมาในราชวงศ์ถัง ต่อกับราชวงศ์ซ้อง ระหว่างปี พ.ศ. 1161-1823 ได้เรียกไม้ย่อส่วนที่ปลูกในกระถางว่า “เผิน-วัน”ต่อมาได้รับความนิยมเพิ่มขึ้นในราชวงศ์หมิงและราชวงศ์ชิง ซึ่งรู้จักกันในนามว่า “เผิน ชิง” หรือไม้กระถางประดับด้วยทิวทัศน์นั่นเอง
ในช่วง คังซี ฮ่องเต้ ถึงสมัย เจีย-ชิง ฮ่องเต้ (ระหว่าง พ.ศ.2205-2264) มีผู้นิยมเล่นบอนไซกันมากในประเทศจีน ซึ่งในสมัยราชวงศ์หมิงและราชวงศ์ชิง ประเทศจีนรุ่งเรืองมาก ประชาชนมีความเป็นอยู่อย่างสงบสุข ต่างใช้เวลาว่างมาศึกษาการเล่นบอนไซเป็นงานอดิเรกกันมาก

ครั้นเริ่มต้นสมัยสาธารณรัฐประชาชนจีน ในช่วงปี พ.ศ. 2443 การปลูกเลี้ยงและการตัดแต่งกิ่งบอนไซ เกิดการเปลี่ยนแปลงขึ้นในในกวางตุ้ง โดยดัดแปลงศิลปะการวาดด้วยแปรง มีรูปแบบและรูปทรงต้นไม้ย่อส่วน ประกอบด้วยลักษณะโบราณที่เต็มไปด้วยความสวยสดงดงามอย่างน่าทึ่ง ต่อมาวิธีการนี้รู้จักกันดีในชื่อว่า “หลิงหนานพ่าย” และได้ยกฐานะของการปลูกไม้กระถางขึ้นเป็นศิลปะแขนงหนึ่งทีเดียว แม้ว่าชื่อของศิลปะแขนงนี้จะถูกเรียกชื่อไปต่างๆ นา นา แต่ปัจจุบันนี้เรียกกันว่า “เผิน-ใจ” หรือ “บอนไซ” อันมีความหมายว่า “ต้นไม้โบราณย่อส่วนโดยปราศจากทิวทัศน์”
ประเทศที่ได้ชื่อว่าเป็นผู้แพร่กระจายเรื่องบอนไซ และมีความสามารถในการเล่นบอนไซได้เป็นที่รู้จักกันทั่วโลก คือ ประเทศญี่ปุ่น โดย จู-ซุ่น-สุ่ย ข้าราชการจีนผู้หนึ่งที่เข้าไปลี้ภัยในญี่ปุ่น ได้นำตำราการเล่นบอนไซไปด้วย (ระหว่าง พ.ศ. 1823-1911) ต่อมาหลังสงครามโลกครั้งที่ 2 บอนไซได้แพร่เข้าสู่โลกตะวันตก(ยุโรป) โดยเฉพาะในเยอรมันและฝรั่งเศส
ในประเทศญี่ปุ่นสมาคมบอนไซก่อตั้งขึ้นมากมายหลายสมาคม แต่ที่ใหญ่ที่สุด ชื่อ The Nippon Bonsai Association. (สมาคมบอนไซแห่งประเทศญี่ปุ่น) จัดตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2508 โดยมีนาย ชิเกรุ โยชิดะ อดีตนายกรัฐมนตรีญี่ปุ่น เป็นนายกสมาคมคนแรก และต่อมาได้มีการจัดตั้ง สหพันธ์บอนไซโลก (World Bonsai Federation) มีการยกย่องให้บอนไซเป็นศิลปะแห่งสันติที่จะเป็นสะพานเชื่อมไปสู่สันติภาพของโลก บอนไซได้มีส่วนกล่อมเกลาจิตนำไปสู่ใจใฝ่สงบ

สำหรับในประเทศไทยนั้น ไม้ดัดมีเล่นกันมานานแล้วตั้งแต่สมัยสุโขทัย ส่วนบอนไซคาดว่าเริ่มรู้จักกันในสมัยอยุธยา โดยชาวญี่ปุ่นเป็นผู้นำเข้ามา เรื่องของไม้ดัดและบอนไซนี้จะเห็นได้จากวรรณคดีเรื่องขุนช้างขุนแผน ซึ่งบรรยายถึงไม้ดัดและไม้แคระไว้หลายตอน แต่ในช่วงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์นั้น ส่วนใหญ่จะเป็นความนิยมในไม้ดัดมากกว่าไม้แคระ
การเลี้ยงบอนไซหรือไม้แคระนี้กลับมาเป็นที่นิยมกันเมื่อประมาณสามสิบปีมานี้เอง และก็เป็นที่น่าเสียดายที่ว่า เมื่อหลายปีที่ผ่านมานี้ความนิยมในการเลี้ยงบอนไซกลับเสื่อมลงไปอีก ซึ่งส่วนหนึ่งอาจเนื่องมาจากการโก่งราคาซื้อขายกันสูงลิบลิ่วในช่วงที่กำลังเห่อกันเต็มที่ ทำให้นักเลี้ยงหน้าใหม่ท้อใจไปตามๆ กัน ประการที่สองก็คือ ไม้ป่าที่มีอยู่ถูกขุดมาขายกันจนเกลี้ยงป่าไปแล้ว ทราบว่าตอนนี้ต้องแอบเข้าไปขุดเอามาจากเพื่อนบ้านข้างๆ เรา แต่ปัจจุบันราคาไม้ที่พอจะเอามาทำบอนไซได้เริ่มลดลงแล้ว ถ้าจะหาซื้อจากสวนจตุจักรก็พอจะหาได้ด้วยสนนราคาที่พอจะสู้ไหวแต่จะให้ได้รูปทรงตามตำราคงลำบาก การเพาะเลี้ยงจากต้นกล้าเพาะเมล็ด หรือการเพาะเลี้ยงจากกิ่งตอน จึงอาจเป็นอีกทางเลือกหนึ่งในภาวะปัจจุบัน หากผู้เพาะเลี้ยงไม่เร่งร้อน เหมาะกับการเพาะเลี้ยงเพื่อเป็นงานอดิเรก หรือพักผ่อนในยามว่าง
ในปัจจุบันแวดวงการเพาะเลี้ยงบอนไซในประเทศไทย อยู่ในยุคเฟื่องฟูของความรู้และเทคนิคในการเพาะเลี้ยงบอนไซ มีการจัดตั้งสมาคมผู้เพาะเลี้ยงบอนไซในประเทศไทยขึ้น มีการแลกเปลี่ยนประสบการณ์และเทคนิคการเพาะเลี้ยงบอนไซกันอย่างแพร่หลาย คุณภาพและมาตรฐานบอนไซที่เลี้ยงจบแล้วมุ่งสู่มาตรฐานสากลมากขึ้น ผู้เพาะเลี้ยงบอนไซของไทยได้รับรางวัลจากการประกวดบอนไซระดับโลกหลายท่านด้วยกัน มีการส่งบอนไซออกขายไปยังต่างประเทศต่างอย่างต่อเนื่อง