1 . กระถาง ดิน ราก

   กระถางที่ใช้ใส่บอนไซ ที่นิยมกันและถือเป็นรูปแบบคือเป็นกระถางตื้นแบนคล้ายถาด ตรงกับคำญี่ปุ่นว่า บอน ซึ่งแปลว่าถาด ส่วนรูปแบบนั้นอาจจะเป็นสี่เหลี่ยม กลม รูปไข่ ขนาดเล็กใหญ่ตามความเหมาะสมของไม้บอนไซ  เมื่อกระถางเล็กพื้นที่จำกัด ดินที่บรรจุในกระถางมีปริมาณน้อย ความจุของกระถางจึง สัมพันธ์กับปริมาณของดินและรากของต้นไม้ที่ปลูก ก่อนปลูกจึงต้องประมาณให้ได้สมส่วนกัน คือ ให้ได้ปริมาณพอเพียงที่รากจะหาอาหารได้พอที่จะอยู่ได้ ไม่มากเกินจนไม้เติบโตงอกงามเกินไป หรือน้อยเกินไปจนต้นไม้ขาดอาหาร ไม้จึงถูกบังคับให้ต้นแคระแกรนได้อย่างคงที่ ดังนั้นเมื่อปลูกไว้นานๆ จนรากกินดินไปเกือบหมด ก็จำเป็นต้องเปลี่ยนกระถางเปลี่ยนดิน ตัดเล็มรากให้น้อยลง